Bien que le cinéma oppose toujours les Ninja aux Samurai, il ne faut pas considérer qu’ils étaient différents. Les deux étaient des soldats aux ordres d’un seigneur. Certains étaient même Ninja la nuit et Samurai le jour. Si il y a une différence c’est par rapport aux règles qu’ils suivaient. Les Ninja suivaient les règles de la Nature, les Samurai celles du Bushidô et de la chevalerie. Aujourd’hui avec le recul on peut considérer les Samurai comme étant l’armée régulière de cette époque et les Ninja comme étant les forces spéciales. Ces deux entités suivent des règles de mise en œuvre différentes mais leurs objectifs étaient les mêmes, faire triompher leur camp. Le cinéma s’est surtout concentré sur le Ninja mercenaire de la fin de l’ère Edo mais pendant longtemps du 9° au 16° siècle, les Ninja étaient des troupes utilisées dans certaines situations particulières. C’est Oda Nobunaga à l’origine du « Iga no Ran », la guerre contre Iga qui dura 10 ans, qui précipita le déclin et/ou l’essor des Ninja dans la société Japonaise. Les nombreuses écoles qui apparurent à cette époque, furent créées par les quelques Ninja qui avaient survécu aux combats et qui s’étaient enfui dans d’autres parties du Japon. Survivre et s’adapter était déjà leur mot d’ordre. Avant cette époque, les clans Ninja avaient de nombreux domaines de compétence car ils avaient des spécialistes pour chaque discipline. Après la destruction des clans par Nobunaga, les Ninja pour survivre utilisèrent au mieux le ou les rares domaines de compétence qu’ils avaient. Les plus connus alors furent ceux qui se battaient et c’est eux que le cinéma Américain mit en avant.
